در اجرای مفاد نامه شماره ۳۱۲۰ – ۱ /م مورخ ۱۳۸۵/۹/۱ دفتر مقام معظم رهبری و در راستای تبصره ۳ ماده ۲ قانون مالیات های مستقیم و اصلاحیه های بعدی آن تصریح و تاکید میگردد «آستان مقدس حضرت امام خمینی (ره)، شرکت ها و موسسات تابعه آن کماکان به شرح بخشنامه شماره ۱۰۸۷/۵۸۸۲-۳۰/۴ مورخ ۱۳۷۸/۲/۲۰ از پرداخت هر گونه مالیات معاف خواهند بود.»
بدیهی است مفاد این بخشنامه ناظر بر معافیت از پرداخت هر گونه عوارض، مالیات حقوق کارکنان و مالیات های تکلیفی که آستان و شرکت ها و موسسات تابعه حسب مقررات مکلف به کسر و ایصال آنها هستند نخواهند بود.