۱. اعتراض به اقلام درآمدی

اعتراض به درآمدهای محاسبه شده در گزارش حسابرسی سیستمی به دو صورت بررسی می‌شود:

• اگر درآمد ابرازی با درآمد سیستمی برابر باشد، ولی مودی مدعی معافیت یا نرخ صفر است:
  مسئولان مربوط یا هیأت‌های حل اختلاف، دفاتر و اسناد مودی را بررسی می‌کنند تا صحت ادعای اعمال معافیت یا نرخ صفر مالیاتی (مانند موارد قانونی ۵۹، ۱۴۳، ۱۰۵، ۱۰۶) یا درآمدهای غیر مشمول مالیات (مانند سود سهام یا تجدید ارزیابی دارایی‌ها) را احراز کنند.
• اگر درآمد سیستمی بیشتر از درآمد ابرازی باشد:
  دفاتر و مدارک مودی اخذ و مورد بررسی قرار می‌گیرد. در مواردی که مبنای محاسبه، تراکنش‌های بانکی بوده، بخشنامه‌های مربوطه (مانند دستورالعمل شماره ۲۰۰/۹۹/۱۶) باید رعایت شود. فرم قواعد و محاسبات رسیدگی سیستمی و اطلاعات وارده از سامانه‌های مختلف مالیاتی (مانند سامانه مودیان، ۱۶۹ مکرر، جامع تجارت و...) بازنگری می‌شود.

۲. اعتراض به اقلام هزینه‌ای و کاهنده درآمد مشمول مالیات

مودیان می‌توانند نسبت به بهای تمام شده کالا و خدمات فروش رفته و سایر هزینه‌ها (مانند حقوق و دستمزد، هزینه‌های عمومی، اداری و فروش) که در گزارش سیستمی محاسبه شده‌اند، اعتراض کنند:

• بررسی هزینه‌ها: مسئولان یا هیأت‌های حل اختلاف با اخذ دفاتر و اسناد و رعایت مقررات مربوط به هزینه‌های قابل قبول و استهلاکات (مانند مواد ۱۴۷ و ۱۴۸)، اعتراضات را بررسی می‌کنند.
• پذیرش بهای تمام شده و هزینه‌ها: مسئول مربوط می‌تواند بهای تمام شده یا هزینه‌های ابرازی را مطابق مقررات بپذیرد یا مبلغ آن را در حد اسناد و مدارک ارائه شده و حداکثر تا مبلغ ابرازی مودی در اظهارنامه، افزایش دهد.
• هزینه‌های مرتبط با درآمد مازاد: اگر درآمد فروش سیستمی بیشتر از درآمد ابرازی باشد و هزینه مرتبط با این درآمد اضافه شده (مانند بهای تمام شده) در اظهارنامه اعلام نشده باشد، مبلغ بهای تمام شده و هزینه مربوطه، متناسب با نسبت سود فعالیت مشاغل مشابه (بر اساس بند ۴ ماده ۴۴ آیین‌نامه اجرایی ماده ۲۱۹)، قابل احتساب خواهد بود.
• بررسی اطلاعات سامانه‌ها: در رسیدگی به اعتراضات مربوط به هزینه‌ها نیز، اطلاعات سامانه‌های مالیاتی (مانند سامانه مودیان، ۱۶۹ مکرر، سامانه‌های جامع تجارت و ثامن) مورد بررسی و بازنگری قرار می‌گیرد.

۳. کتمان درآمد و هزینه‌های غیر واقعی

اگر پس از رسیدگی مجدد مشخص شود که درآمد فروش محاسبه شده ناشی از کتمان درآمد بوده یا بخشی از هزینه‌های ابرازی مودی ناشی از انعکاس و ثبت هزینه‌های غیر واقعی بوده است، مالیات متعلق به درآمد مشمول مالیات ناشی از این موارد، مشمول جریمه غیر قابل بخشش موضوع ماده ۱۹۲ قانون می‌شود.

• تعیین هزینه‌های درآمد کتمان شده: اگر درآمد کتمان شده تأیید شود، اما مودی نسبت به عدم محاسبه بهای تمام شده و سایر هزینه‌های مرتبط با آن معترض باشد، اعتراض بررسی می‌شود.
• در صورتی که تعیین بهای تمام شده یا سایر هزینه‌های مرتبط با درآمد کتمان شده از طریق اسناد و مدارک مقدور نباشد، از نسبت سود ناویژه یا نسبت فعالیت (سود ویژه) مشاغل مشابه یا نسبتی که سازمان امور مالیاتی کشور ابلاغ می‌کند، استفاده می‌شود.

۴. تأکید بر شرایط اقتصادی و تکریم مودیان

در مواردی که برای محاسبه بهای تمام شده یا سایر هزینه‌ها از نسبت فعالیت تعیین شده توسط سازمان استفاده می‌شود، باید واقعیت امر و ماهیت موضوع فعالیت مودی رعایت گردد تا شرایط اقتصادی و تکریم مودیان حفظ شده و از اعتراضات ناشی از عدم تناسب نسبت‌های سود جلوگیری شود.